Tak ako väčšina organizmov, aj baktérie sú schopné prispôsobovať sa podmienkam- životného prostredia – aj tým nepriaznivým, antibiotickým. Pod pojmom antibiotická rezistencia treba chápať odolnosť baktérií, ale aj húb či parazitov, proti antibiotikám, na ktoré boli predtým citlivé. Opačne povedané, antibiotiká používané v dnešnej praxi prestávajú byť účinné na infekčné ochorenia, na ktoré boli kedysi účinné. Príkladom môže byť „zlatý stafylokok“, ktorý sa pred 70 – 80 rokmi úspešne liečil penicilínom, no dnes je naň takmer úplne rezistentný.
Baktérie môžu byť na antibiotiká rezistentné prirodzene, pretože to majú takpovediac v génoch. Prirodzená rezistencia je daná stavbou a metabolizmom baktérie – napríklad prítomnosť bunkovej steny predstavuje kľúčový faktor odolnosti baktérie na antibiotikum. Preto sa pre antibiotiká definuje takzvané bakteriálne spektrum (napríklad širokospektrálne tetracyklíny, úzkospektrálne antituberkulotiká; stredné spektrum má väčšina cefalosporínov a penicilínov). Získaná antibiotická rezistencia vzniká pri strete baktérie s antibiotikom alebo pri strete baktérie s už rezistentnou baktériou. Jej podstata je vcelku zložitá a komplexná (najčastejšie ide o mutácie). Zahŕňa procesy, ako je napríklad enzymatická inaktivácia antibiotika, či aktívne „vypudenie“ antibiotika z bunky baktérie.